「ログイン不能ユーザ」は、課金対象ではないため、ライセンス数としてはカウントされません。
ユーザを物理削除せず、ログイン不能ユーザとして残しておくことで、再度同じアカウントとして復活させることができたり、過去の承認の証跡を残すことができます。
ログイン不能ユーザにするには、システム管理画面から実施いただくか、アカウントマスタ連携を利用し一括で変更することも可能です。
・システム管理ガイド
└ ユーザの管理 > ユーザの作成／編集／削除方法
・アカウントマスタ連携ガイド
└ ユーザ情報（users.csv）
└ 「del」カラムを「1（ログイン不能ユーザ）」に変更し、インポート
補足
・管理画面から「ログイン不能ユーザ」に変更した場合、変更が反映されるのはアカウントキャッシュが実行されたあととなります。システム管理ガイド
└ メンテナンス > アカウントキャッシュ
・システム管理画面のダッシュボード > 契約情報 のライセンス状況は、夜間に更新されます。