文書登録時ではなく、特定のアクティビティに遷移した際に採番したい

自動採番部品の評価式で条件を設定することで可能です。
例えば特定のアクティビティに遷移した際のステータスが「決済時」のフィルタを作成いただき、評価式の条件として設定いただくことで、ステータスが「決済時」となった際に採番されます。